A perda de biodiversidade em Portugal é elevada, o que significa que um número cada vez maior de espécies se encontra em vias de extinção. As causas são várias: destruição dos habitats, perseguição humana, doenças ou o aparecimento de espécies invasoras.
42 por cento das espécies de vertebrados estão ameaçadas e são os peixes de água doce e migradores que enfrentam as maiores dificuldades de sobrevivência. No nosso país, 19 espécies, 17 das quais aves, já foram extintas. Entre elas encontram-se o esturjão, o urso pardo e o falcão-da-rainha. A águia pesqueira está em perigo de desaparecer definitivamente porque só existe um macho no Sudeste alentejano. A cabra montês, por seu turno, reapareceu no Parque Nacional da Peneda-Gerês devido às medidas tomadas pela Galiza para o repovoamento da espécie e o esquilo, cuja situação há alguns anos atrás era preocupante, atingiu entretanto populações estáveis.
69% Dos peixes, 38% das aves, 32% dos répteis, 19% dos anfíbios e 26% dos mamíferos estão em risco.
A destruição, a fragmentação ou a deterioração dos habitats são os factores que ameaçam a biodiversidade portuguesa e as estruturas edificadas pelo homem encontram-se na origem desta perda de território essencial para as espécies. Há, porém, outras ameaças que se têm mantido ao longo dos anos: a perseguição humana, as espécies invasoras, as doenças e os atropelamentos. O facto de existirem populações isoladas, também aumenta a sua probabilidade de extinção.